Shibata Zeshin nació en Edo, la actual Tokio, como el hijo de carpinteros de santuarios y hábiles talladores de madera. Pronto metieron a su hijo en el negocio familiar, pues sabían que si aprendía a dibujar y a pintar se convertiría en el mejor grabador y carpintero de aquel lugar.
De esta manera y con esa decisión, el destino de Zeshin estaba marcado.
A los 13 años se convirtió en aprendiz de Suzuki Nanrei, un gran pintor de la escuela Shijō, quien le dió su nombre artístico y por el cual se le conoce popularmente: Shibata Zeshin, el cual tiene un significado similar a "esto es cierto" o "la verdad".
A su lado, Zeshin aprendió no solo los conceptos básicos de la pintura y el dibujo, sino también la ceremonia del té japonesa, la poesía haiku y waka, la historia, la literatura y la filosofía.
Esto sentó las bases de su formación, no solo en las técnicas de las artes tradicionales, sino también, y quizás más importante, en la estética y la filosofía del arte tradicional japonés, donde se realza como uno de los pintores más importantes.
Muchas de sus obras del período de sus estudios con Nanrei fueron pinturas de abanicos, por lo que el gran artista de Utagawa Kuniyoshi quedó impresionado, y con quien luego comenzó una amistad que duraría muchos años.
Más tarde, Zeshin estudió con otros grandes artistas de la escuela de Kioto, incluidos Maruyama Ōkyo, Okamoto Toyohiko y Goshin. Entre ellos, Zeshin se destacó en la pintura tradicional con tinta y produjo muchas obras de temas tradicionales como tigres y cascadas.
Durante las décadas de 1830 y 1840, cuando Shibata se dedicó casi al 100% a la docencia, Japón sufrió una crisis económica y los artistas estaban estrictamente limitados, por ley, en el uso de plata y oro, ambos casi esenciales para los estilos tradicionales de decoración de su disciplina, pero Zeshin lo compensó usando bronce para simular el aspecto y la textura del hierro, y con una variedad de otras sustancias y estilos decorativos para mantener su trabajo hermoso, sin dejar de ser tradicional y factible.
De esta manera, sus piezas abrazan el concepto de belleza y elegancia en lo muy simple que se tenía en su círculo cercano, lo que definió aún más su influencia dentro de la corriente e incluso le dió el título de representante oficial de su país en varias exposiciones internacionales, incluidas Viena en 1873, Filadelfia el año siguiente y París, aunque no asistió personalmente a ninguna de ellas.
Un año antes de su muerte en 1891, a Zeshin se le otorgó el inmenso honor de ser miembro del Comité de Arte Imperial recién creado y hasta la fecha es el único artista que ha sido reconocido en dos campos de trabajo, pintura y maki-e.
Zeshin, de acuerdo con sus historiados, tiene fama de haber dicho a sus propios estudiantes que no deseaba que fueran conocidos como "un alumno de Zeshin", sino más bien como un gran artista que estudió con un hombre llamado Zeshin.